RARG

RARG
Наявні структури
PDBПошук ортологів: H3BMH6 PDBe H3BMH6 RCSB
Список кодів PDB

1EXA, 1EXX, 1FCX, 1FCY, 1FCZ, 1FD0, 2LBD, 3LBD, 4LBD

Ідентифікатори
Символи RARG, NR1B3, RARC, retinoic acid receptor gamma, RARgamma
Зовнішні ІД OMIM: 180190 MGI: 97858 HomoloGene: 20263 GeneCards: RARG
Реагує на сполуку
adapalene, alitretinoin, palovarotene, tamibarotene, tazarotene, третиноїн[1]
Онтологія гена
Молекулярна функція

sequence-specific DNA binding
RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding
zinc ion binding
зв'язування з іоном металу
steroid hormone receptor activity
GO:0001948, GO:0016582 protein binding
GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity
DNA binding
retinoid X receptor binding
GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
GO:0000975 transcription cis-regulatory region binding
transcription factor binding
nuclear receptor coactivator activity
signaling receptor activity
GO:0038050, GO:0004886, GO:0038051 nuclear receptor activity

Клітинна компонента

integral component of membrane
нуклеоплазма
клітинне ядро
transcription regulator complex
RNA polymerase II transcription regulator complex

Біологічний процес

regulation of cell size
growth plate cartilage development
cellular response to retinoic acid
gland development
GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated
negative regulation of cartilage development
response to retinoic acid
multicellular organism growth
negative regulation of cell differentiation
bone morphogenesis
chondrocyte development
negative regulation of apoptotic process
retinal pigment epithelium development
transcription, DNA-templated
epithelium development
embryonic camera-type eye development
reproductive structure development
limb development
face development
neural tube closure
negative regulation of chondrocyte differentiation
Harderian gland development
prostate gland epithelium morphogenesis
regulation of myelination
GO:1901313 positive regulation of gene expression
retina development in camera-type eye
positive regulation of cell population proliferation
growth plate cartilage chondrocyte growth
canonical Wnt signaling pathway
регуляція експресії генів
camera-type eye development
transcription initiation from RNA polymerase II promoter
regulation of myeloid cell differentiation
bone development
trachea cartilage development
anterior/posterior pattern specification
glandular epithelial cell development
steroid hormone mediated signaling pathway
GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II
GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II
embryonic hindlimb morphogenesis
retinoic acid receptor signaling pathway
negative regulation of cell population proliferation
embryonic eye morphogenesis
positive regulation of apoptotic process
positive regulation of programmed cell death
cellular response to leukemia inhibitory factor
multicellular organism development
hormone-mediated signaling pathway
диференціація клітин
response to lipid

Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види Людина Миша
Entrez
5916
19411
Ensembl
ENSG00000172819
ENSMUSG00000001288
UniProt
P13631
P18911
RefSeq (мРНК)
NM_000966
NM_001042728
NM_001243730
NM_001243731
NM_001243732
NM_001042727
NM_011244
RefSeq (білок)
NP_000957
NP_001036193
NP_001230659
NP_001230660
NP_001230661
NP_001036192
NP_035374
Локус (UCSC) Хр. 12: 53.21 – 53.23 Mb Хр. 15: 102.14 – 102.17 Mb
PubMed search [2] [3]
Вікідані
Див./Ред. для людейДив./Ред. для мишей

RARG (англ. Retinoic acid receptor gamma) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 12-ї хромосоми.[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 454 амінокислот, а молекулярна маса — 50 342[5].

Послідовність амінокислот
1020304050
MATNKERLFAAGALGPGSGYPGAGFPFAFPGALRGSPPFEMLSPSFRGLG
QPDLPKEMASLSVETQSTSSEEMVPSSPSPPPPPRVYKPCFVCNDKSSGY
HYGVSSCEGCKGFFRRSIQKNMVYTCHRDKNCIINKVTRNRCQYCRLQKC
FEVGMSKEAVRNDRNKKKKEVKEEGSPDSYELSPQLEELITKVSKAHQET
FPSLCQLGKYTTNSSADHRVQLDLGLWDKFSELATKCIIKIVEFAKRLPG
FTGLSIADQITLLKAACLDILMLRICTRYTPEQDTMTFSDGLTLNRTQMH
NAGFGPLTDLVFAFAGQLLPLEMDDTETGLLSAICLICGDRMDLEEPEKV
DKLQEPLLEALRLYARRRRPSQPYMFPRMLMKITDLRGISTKGAERAITL
KMEIPGPMPPLIREMLENPEMFEDDSSQPGPHPNASSEDEVPGGQGKGGL
KSPA

Кодований геном білок за функцією належить до рецепторів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, ДНК. Локалізований у ядрі.

Література

  • Krust A., Kastner P., Petkovich M., Zelent A., Chambon P. (1989). A third human retinoic acid receptor, hRAR-gamma. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 86: 5310—5314. PMID 2546152 DOI:10.1073/pnas.86.14.5310
  • Lehmann J.M., Hoffmann B., Pfahl M. (1991). Genomic organization of the retinoic acid receptor gamma gene. Nucleic Acids Res. 19: 573—578. PMID 1849262 DOI:10.1093/nar/19.3.573
  • The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
  • Lehmann J.M., Zhang X.K., Pfahl M. (1992). RAR-gamma-2 expression is regulated through a retinoic acid response element embedded in Sp1 sites. Mol. Cell. Biol. 12: 2976—2985. PMID 1320193 DOI:10.1128/MCB.12.7.2976

Примітки

  1. Сполуки, які фізично взаємодіють з Retinoic acid receptor gamma переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
  2. Human PubMed Reference:.
  3. Mouse PubMed Reference:.
  4. HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:9866 (англ.) . Архів оригіналу за 18 червня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.
  5. UniProt, P13631 (англ.) . Архів оригіналу за 31 серпня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.

Див. також

  • Хромосома 12
Молекула міоглобіну Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

П:  Портал «Біологія» П:  Портал «Хімія»

 
Фактори транскрипції та внутрішньоклітинні рецептори
 
(1) Основні домени
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)
(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)
(1.3) Спіраль-петля-спіраль
/ Лейцинова застібка
(bHLH-ZIP)
(1.4) NF-1
(1.5) RF-X
(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)
 
(2) Цинк-координовані домени ДНК
(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4)
підродина 1
підродина 2
підродина 3
підродина 4
підродина 5
підродина 6
підродина 0
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4
(2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців
(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер
(2.5) Цинкові пальці іншого складу
(2.6) WRKY
  • WRKY
 
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль
(3.1) Гомеобокс
(3.2) Парний бокс
(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль
(3.4) Фактори теплового шоку
(3.5) Триптофановий кластер
(3.6) Домен транскрипційний енхансер
 
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом
(4.1) RHR
(4.2) STAT
(4.3) p53
(4.4) MADS
(4.6) TATA
(4.7) Високомобільна група
(4.9) Grainyhead
(4.10) Домен холодового шоку
(4.11) Runt
 
(0) Інші фактори транскрипції
(0.2) HMGI(Y)
(0.3) Pocket домен
(0.5) AP2/EREBP-подібні
  • AP2
  • EREBP
  • B3
(0.6) Інші