Anotação de DNA
![](http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/e/e2/Porphyra_umbilicalis_chloroplast_genome_visualized_with_Chloroplot.png/370px-Porphyra_umbilicalis_chloroplast_genome_visualized_with_Chloroplot.png)
Em biologia molecular e genética, anotação de DNA ou anotação de genoma é o processo de descrever a estrutura e função dos componentes de um genoma, [2] analisando-os e interpretando-os a fim de extrair seu significado biológico e compreender os processos biológicos dos quais eles participam. [3] Entre outras coisas, identifica a localização dos genes e todas as regiões codificantes de um genoma e determina o que esses genes fazem. [4]
A anotação é realizada após um genoma ser sequenciado e montado, e é uma etapa necessária na análise do genoma antes que a sequência seja depositada em um banco de dados e descrita em um artigo publicado. Embora a descrição de genes individuais e seus produtos ou funções seja suficiente para considerar esta descrição como uma anotação, a profundidade da análise relatada na literatura para diferentes genomas varia amplamente, com alguns relatórios incluindo informações adicionais que vão além de uma simples anotação. [5] Além disso, devido ao tamanho e complexidade dos genomas sequenciados, a anotação do DNA não é realizada manualmente, mas sim automatizada por meios computacionais. No entanto, as conclusões tiradas dos resultados obtidos requerem uma análise pericial manual. [6]
A anotação de DNA é classificada em duas categorias: anotação estrutural, que identifica e demarca elementos em um genoma, e anotação funcional, que atribui funções a esses elementos. [7] Esta não é a única forma como a anotação foi categorizada, pois várias alternativas, como classificações baseadas em dimensões [8] e classificações baseadas em níveis [3] também foram propostas.
Anotação estrutural
A anotação estrutural descreve a localização precisa dos diferentes elementos em um genoma, como quadros de leitura abertos, regiões de codificação, éxons, íntrons, repetições, locais de splicing, sequências regulatórias, códons de início e parada e promotores. [6] [9]
Anotação funcional
A anotação funcional atribui funções aos elementos genômicos encontrados pela anotação estrutural, [7] relacionando-os a processos biológicos como o ciclo celular, morte celular, desenvolvimento, metabolismo, etc. identificando elementos que possam ter sido anotados por erro. [2]
Referências
- ↑ Zheng S, Poczai P, Hyvönen J, Tang J, Amiryousefi A (2020). «Chloroplot: An Online Program for the Versatile Plotting of Organelle Genomes». Frontiers in Genetics. 11 (576124). 576124 páginas. PMC 7545089
. PMID 33101394. doi:10.3389/fgene.2020.576124
- ↑ a b Dominguez Del Angel V, Hjerde E, Sterck L, Capella-Gutierrez S, Notredame C, Vinnere Pettersson O, et al. (5 de fevereiro de 2018). «Ten steps to get started in Genome Assembly and Annotation». F1000Research. 7 (148): 148. PMC 5850084
. PMID 29568489. doi:10.12688/f1000research.13598.1
- ↑ a b Stein L (julho de 2001). «Genome annotation: from sequence to biology». Nature Reviews. Genetics. 2 (7): 493–503. PMID 11433356. doi:10.1038/35080529
- ↑ «Medical Definition of Genome annotation». MedicineNet. 29 de março de 2021. Consultado em 17 de abril de 2023. Cópia arquivada em 9 de fevereiro de 2023 Verifique o valor de
|display-authors=Davis CP
(ajuda) - ↑ «Genome Annotation and Analysis». Sequence — Evolution — Function 1st ed. [S.l.]: Springer US. 2003. pp. 193–226. ISBN 978-1-4757-3783-7. doi:10.1007/978-1-4757-3783-7_6
- ↑ a b «Genome assembly and annotation». Bioinformatics: Methods and Applications 1st ed. [S.l.]: Elsevier Science. 2021. pp. 49–66. ISBN 9780323897754. doi:10.1016/B978-0-323-89775-4.00013-4
- ↑ a b Bright LA, Burgess SC, Chowdhary B, Swiderski CE, McCarthy FM (outubro de 2009). «Structural and functional-annotation of an equine whole genome oligoarray». BMC Bioinformatics. 10 (Suppl 11): S8. PMC 3226197
. PMID 19811692. doi:10.1186/1471-2105-10-S11-S8
- ↑ Reed JL, Famili I, Thiele I, Palsson BO (fevereiro de 2006). «Towards multidimensional genome annotation». Nature Reviews. Genetics. 7 (2): 130–141. PMID 16418748. doi:10.1038/nrg1769
- ↑ The dictionary of genomics, transcriptomics and proteomics Fifth ed. Weinheim: Wiley. 2015. ISBN 9783527678679. doi:10.1002/9783527678679. Consultado em 24 de abril de 2023. Cópia arquivada em 4 de agosto de 2022