BtKY72病毒(BtKY72/Rhinolophus sp./Kenya/2007)是嚴重急性呼吸系統綜合症相關冠狀病毒(SARSr-CoV)的一個病毒株,在肯亞菊頭蝠屬蝙蝠的糞便樣本中發現,其基因組已被完整定序,於2019年發表。
病毒學
BtKY72病毒的基因組長29259nt,基因順序為複製酶(ORF1a/b)-刺突蛋白(S)-ORF3a-外膜蛋白(E)-膜蛋白(M)-ORF6-ORF7a-ORF7b-衣殼蛋白(N),相較於SARS病毒和多數蝙蝠SARS相關病毒,此病毒缺乏ORF3b與ORF8[1]。在SARSr-CoV中,此病毒與2010年發表、在保加利亞發現的BM48-31病毒關係最接近,兩者基因組序列相似度為81%,BM48-31病毒亦不具有ORF8[1][2]。
分類
種系發生學研究結果顯示BtKY72病毒與BM48-31病毒組成的演化支是SARSr-CoV演化樹的基群,此演化支與其他SARSr-CoV分家早於SARS-CoV和SARS-CoV-2分家的時間[3][4]。
參考文獻
- ^ 1.0 1.1 Tao Y, Tong S. Complete Genome Sequence of a Severe Acute Respiratory Syndrome-Related Coronavirus from Kenyan Bats.. Microbiol Resour Announc. 2019, 8 (28). PMC 6624766 . PMID 31296683. doi:10.1128/MRA.00548-19.
- ^ Drexler JF, Gloza-Rausch F, Glende J, Corman VM, Muth D, Goettsche M; et al. Genomic characterization of severe acute respiratory syndrome-related coronavirus in European bats and classification of coronaviruses based on partial RNA-dependent RNA polymerase gene sequences.. J Virol. 2010, 84 (21): 11336–49. PMC 2953168 . PMID 20686038. doi:10.1128/JVI.00650-10.
- ^ Lu R, Zhao X, Li J, Niu P, Yang B, Wu H; et al. Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding.. Lancet. 2020, 395 (10224): 565–574. PMC 7159086 . PMID 32007145. doi:10.1016/S0140-6736(20)30251-8.
- ^ Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses. The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2.. Nat Microbiol. 2020, 5 (4): 536–544. PMC 7095448 . PMID 32123347. doi:10.1038/s41564-020-0695-z.
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| 甲型冠狀病毒屬 (α-CoV) | | | |
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| NL63病毒 | 人類冠狀病毒NL63(HCoV-NL63) · NL63相關蝙蝠冠狀病毒(英语:NL63-related bat coronavirus strain BtKYNL63-9b) |
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| 其他 | |
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| 乙型冠狀病毒屬 (β-CoV) | Embecovirus(英语:Embecovirus) (支系A) | | |
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| | 鼠冠狀病毒(M-CoV) | 鼠肝炎病毒(MHV) · 大鼠冠狀病毒(RCoV)(大鼠涎淚腺炎病毒SDAV · 帕克RCoV) |
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| | Merbecovirus(英语:Merbecovirus) (支系C) | |
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| | Nobecovirus(英语:Nobecovirus)(支系D) | |
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| 丙型冠状病毒属 (γ-CoV) | Cegacovirus | 鯨豚冠狀病毒(白鯨冠狀病毒SW1 · 瓶鼻海豚冠狀病毒HKU22) |
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| | Brangacovirus(英语:Brangacovirus) | |
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| Igacovirus(英语:Igacovirus) | |
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| 丁型冠狀病毒屬 (δ-CoV) | 鵯冠狀病毒HKU11(BuCoV HKU11) · 鶇冠狀病毒HKU12(ThCoV HKU12) · 文鳥冠狀病毒HKU13(英语:Munia coronavirus HKU13)(MuCoV HKU13) · 猪丁型冠状病毒(PdCV) · 繡眼冠狀病毒HKU16(英语:White-eye coronavirus HKU16)(WeCoV HKU16) · 麻雀冠狀病毒HKU17(SpCoV HKU17) · 鵲鴝冠狀病毒HKU18(MRCoV HKU18) · 夜鷺冠狀病毒HKU19 · 鴨冠狀病毒HKU20(WiCoV HKU20) · 紅冠水雞冠狀病毒HKU21(英语:Common moorhen coronavirus HKU21)(CMCoV HKU21) · 隼冠狀病毒HKU27(FalCoV UAE-HKU27) · 翎頜鴇冠狀病毒HKU28(HouCoV UAE-HKU28) · 鴿冠狀病毒HKU29(PiCoV UAE-HKU29) · 鵪鶉冠狀病毒HKU30(QuaCoV UAE-HKU30) |
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| SARS-CoV-2相關病毒 | 人類病毒 | 變異株 | 需要关注的变异株(英语:SARS-CoV-2 variant of concern)(VOC) | Omicron(B.1.1.529) 子谱系:BA.1、BA.1.1、BA.2、BA.2.10.1、BA.2.12、BA.2.12.1、BA.2.75、BA.2.75.2、BA.2.86、BA.3、BA.4、BA.5、BA.5.2.1、BF.7、BQ.1、BQ.1.1、CH.1.1、EG.5、EG.5.1、 JN.1、XBB、XBB.1、XBB.1.5、XBB.1.9.2、XBB.1.16、XBF、 XE(西班牙语:Variante XE del SARS-CoV-2) |
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| 原需要关注的变异株 | Alpha(B.1.1.7) (带E484K版本)(書面挪威語:Lineage B.1.1.7 with E484K) · Beta(B.1.351) · Gamma(P.1) · Delta(B.1.617.2) |
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| 原需要留意的变异株(阿拉伯语:متحور مثير للاهتمام)(VOI) 及监视下的变异株(阿拉伯语:متحور قيد المراقبة)(VUM) | Zeta(英语:SARS-CoV-2 Zeta variant)(P.2) · Theta(英语:SARS-CoV-2 Theta variant)(P.3) · Epsilon(英语:SARS-CoV-2 Epsilon variant)(B.1.427、 B.1.429(書面挪威語:Lineage B.1.429)、CAL.20C) · Kappa(B.1.617.1) · Iota(英语:SARS-CoV-2 Iota variant)(B.1.526) · Eta(英语:SARS-CoV-2 Eta variant)(B.1.525) · Lambda(C.37) · Mu(B.1.621) |
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| 曾監視的變異株(FMV) | AV.1 · AT.1 · R.1(西班牙语:Variante R.1 del SARS-CoV-2) · B.1.466.2 · B.1.1.519 · C.36.3 · B.1.214.2 · B.1.1.523(西班牙语:B.1.1.523) · B.1.619 · B.1.620(書面挪威語:Lineage B.1.620) · B.1.1.318(書面挪威語:Lineage B.1.1.318)/AZ.5 · C.1.2(他加禄语:SARS-CoV-2 Lineage C.1.2) · B.1.630 · B.1.640 · XD |
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| 其他变种 | B.1.1.207(書面挪威語:Lineage B.1.1.207) · B.1.1.317 · B.1.616(書面挪威語:Den bretonske koronavarianten) · B.1.618(書面挪威語:Lineage B.1.618) · B.1.640.2(德语:B.1.640.2) · Deltacron(書面挪威語:«Deltacron») · XF · Cluster 5(英语:Cluster 5)(已消亡) |
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| 错义突变 | del 69-70 · RSYLTPGD246-253N · N440K · G446V · L452R(書面挪威語:Mutasjon L452R) · Y453F · S477G/N · E484Q(書面挪威語:Mutasjon E484Q) · E484K(書面挪威語:Mutasjon E484K) · F490S · N501Y(書面挪威語:Mutasjon N501Y) · N501S · D614G(書面挪威語:Mutasjon D614G) · Q677P/H · P681H(書面挪威語:Mutasjon P681H) · P681R(書面挪威語:Mutasjon P681R) · A701V(書面挪威語:Mutasjon A701B og mutasjon A701V) |
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| 蝙蝠病毒 | |
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| 其他 | 穿山甲冠狀病毒(GD · GX · Pangolin-CoV-2020) |
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| 其他 | |
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| 相關病毒 | |
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