Baza podataka transporterske klasifikacije : Reference, Literatura, Spoljašnje veze Wikipedia, slobodna enciklopedija

Baza podataka transporterske klasifikacije

Baza podataka transporterske klasifikacije (engl. Transporter Classification database, TCDB) je klasifikacioni sistem koji je odobrila Međunarodna unija za biohemiju i molekularnu biologiju (IUBMB) za membranske transportne proteine uključujući jonske kanale.^[1] Ovaj klasifikacioni sistem je dizajniran da bude analogan sa sistemom EC brojeva za klasifikaciju enzima, mada on takođe koristi filogenetičke informacije.

Reference

↑ Saier MH, Yen MR, Noto K, Tamang DG, Elkan C (January 2009). „The Transporter Classification Database: recent advances”. Nucleic Acids Res. 37 (Database issue): D274–8. DOI:10.1093/nar/gkn862. PMC 2686586. PMID 19022853.

Literatura

Saier MH, Tran CV, Barabote RD (January 2006). „TCDB: the Transporter Classification Database for membrane transport protein analyses and information”. Nucleic Acids Res. 34 (Database issue): D181–6. DOI:10.1093/nar/gkj001. PMC 1334385. PMID 16381841.
Busch W, Saier MH (2002). „The transporter classification (TC) system, 2002”. Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 37 (5): 287–337. DOI:10.1080/10409230290771528. PMID 12449427.

Spoljašnje veze

Portal Informatika

Transporter Classification Database
List at qmul.ac.uk

Membranski transportni proteini: Jonski kanali (TC 1A)

Ca²⁺: Kalcijumski kanal

Naponom-kontrolisani	L-tip/Ca_vα (1.1, 1.2, 1.3, 1.4) • N-tip/Ca_vα2.2 • P-tip/Ca_vα(2.1) • Q-tip/Ca_vα2.1 • R-tip/Ca_vα2.3 • T-tip/Ca_vα(3.1, 3.2, 3.3) α₂δ-podjedinice (1, 2) • β-podjedinice (β1, β2, β3, β4) • γ-podjedinice (γ1, γ2, γ3, γ4) [Katjonski kanali sperme]] (1, 2, 3, 4) •Dvoporni kanal (1, 2)
Ligand-kontrolisani	Inozitol trisfosfatni receptor (1, 2, 3) • Rianodinski receptor (1, 2, 3)

Na⁺: Natrijumski kanal

Naponom-kontrolisani	Na_vα (1.1, 1.2, 1.3, 1.4, 1.5, 1.6, 1.7, 1.8, 1.9, 7A) • Na_vβ (1, 2, 3, 4)
Konstitutivno aktivni	Epitelni Natrijumski kanal (α, β, γ, δ)

K⁺: Kalijumski kanal

Naponom-kontrolisani	K_vα1-6 (1.1, 1.2, 1.3, 1.4, 1.5, 1.6, 1.7, 1.8) • (2.1, 2.2) • (3.1, 3.2, 3.3, 3.4) • (4.1, 4.2, 4.3) • (5.1) • (6.1, 6.2, 6.3, 6.4) K_vα7-12 (7.1, 7.2, 7.3, 7.4, 7.5) • (8.1, 8.2) • (9.1, 9.2, 9.3) • (10.1, 10.2) • (11.1/hERG, 11.2, 11.3) • (12.1, 12.2, 12.3) K_vβ (1, 2, 3) • KCNIP (1, 2, 3, 4) • minK/ISK • minK/ISK-sličan • MiRP (1, 2, 3) • Shaker gen
Kalcijumom-aktivirani	BK kanal (α1, β1, β2, β3, β4) • SK kanal (SK1, SK2, SK3, SK4) • K_Ca (1.1, 2.1, 2.2, 2.3, 3.1, 4.1, 4.2, 5.1)
Unutrašnje-ispravljajući	K_ATP • K_ir (1.1, 2.1, 2.2, 2.3, 2.4, 2.6) • GIRK/K_ir (3.1, 3.2, 3.3, 3.4) • K_ir (4.1, 4.2, 5.1, 6.1, 6.2, 7.1)
Tandem pora domen	K2P (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 9, 10, 12, 13, 15, 16, 17, 18)

Drugi

M⁺: TRP katjonski kanal	TRPA (1) • TRPC (1, 2, 3, 4, 4AP, 5, 6, 7) • TRPM (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8) • TRPML (1, 2, 3) • TRPP (1, 2) • TRPV (1, 2, 3, 4, 5, 6)
Cl^-: Hloridni kanal	ANO1 • Bestrofin (1, 2) • CFTR • CLCA (1, 2, 3, 4) • CLCN (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, KA, KB) • CLIC (1, 2, 3, 4, 5, 6, L1) • CLNS (1A, 1B)
Cikličnim nukleotidom-kontrolisani (FC)	α (1, 2, 3, 4) • β (1, 2, 3) • HCN (1, 2, 3, 4)
Porin	Akvaporin (1, 2, 3, 4, 5, 7, 8, 9) • Napon-zavisni anjonski kanal (1, 2, 3) • Generalna bakterijska porinska familija
Propusna veza	Koneksin: A (GJA1, GJA3, GJA4, GJA5, GJA8, GJA9, GJA10) • B (GJB1, GJB2, GJB3, GJB4, GJB5, GJB6, GJB7) • C (GJC1, GJC2, GJC3) • D (GJD2, GJD3, GJD4) • E (GJE1) Ineksin
Generalno	Ligandom-kontrolisani jonski kanal • Naponom-kontrolisani jonski kanal • Rastezanjem-aktivirani jonski kanal