GROMACS (англ. groningen machine for chemical simulations, гронингенская машина для химического моделирования) пакет программ для моделирования физико-химических процессов в молекулярной динамике. Разработан командой Германа Берендсена, работающей в отделении биофизической химии университета Гронингена. В настоящее время развивается и поддерживается усилиями энтузиастов, в число которых входят представители университета Уппсалы и королевского технологического института. Пакет предназначен для моделирования биомолекул (например, молекул белков и липидов), имеющих много связанных взаимодействий между атомами. Обеспечивает высокую скорость расчётов для несвязанных взаимодействий. Считается одним из самых быстрых инструментов. Является свободным программным обеспечением с открытым исходным кодом. Исходный код доступен под лицензией GPL.
См. также
- CHARMM
- NAMD
- VMD
- Charm++
- LAMMPS
Программы, используемые при моделировании из «первых принципов»
Примечания
- ↑ GROMACS 2018.1 release notes (англ.)
Ссылки
- Официальный сайт (англ.)
- Моделирование в GROMACS (практическое руководство) (рус.)
- Gromacs — установка и конфигурирование под PVM & Linux (рус.)
- Gromacs — установка и конфигурирование под OpenMPI & Linux (рус.)
- Gromacs — установка и конфигурирование для nVidia GPU & Linux (рус.)
- GROMACS on GPUs (рус.)
- Бинарники версии 4.6.5 для Windows / Cygwin