Ini adalah senarai sungai yang tidak lengkap yang sekurang-kurangnya sebahagiannya di Malaysia. Sungai-sungai dikelompokkan mengikut selat atau laut. Sungai-sungai yang mengalir ke laut disusun di sepanjang pantai. Sungai yang mengalir ke sungai lain disenaraikan oleh sungai yang mengalir ke dalamnya. Sungai-sungai yang bermuara di Malaysia ditunjukkan dalam huruf condong. Sungai yang sama mungkin terdapat di lebih daripada satu negeri kerana banyak sungai merentasi sempadan negeri.
Sungai Gombak (kiri) bertemu dengan Sungai Klang (kanan) di Kuala Lumpur .
Sungai mengikut sempadan antarabangsa Sempadan antarabangsa Sungai Kawasan (km 2 ) Kelantan-Thailand Sungai Golok 1,011.125 Sabah-Indonesia Sungai Sibuku 799.452 Sabah-Indonesia Sungai Sembakung 5,467.765 Sarawak-Brunei Sungai Pandaruan 222.378
Sungai mengikut sempadan negeri Sempadan negeri Sungai Kawasan (km 2 ) Perlis-Kedah Sungai Perlis 724.398 Pulau Pinang-Kedah Sungai Perai 447.824 Pulau Pinang-Kedah Sungai Jawi 231.031 Pulau Pinang-Kedah-Perak Sungai Kerian 1,420.233 Kedah-Pulau Pinang Sungai Muda 4,150.397 Perak-Selangor Sungai Bernam 2,836.333 Selangor-Wilayah Persekutuan Sungai Klang 1,297.382 Selangor-Wilayah Persekutuan Sungai Buloh 451.926 Selangor-Wilayah Persekutuan-Negeri Sembilan Sungai Langat 2,347.882 Selangor-Negeri Sembilan Sungai Sepang 101.932 Negeri Sembilan-Malacca Sungai Linggi 1,297.668 Negeri Sembilan-Malacca Sungai Melaka 614.575 Melaka-Johor-Negeri Sembilan Sungai Kesang 658.263 Johor-Negeri Sembilan Sungai Muar 6,137.800 Johor-Pahang Sungai Endau 4,739.059 Pahang-Negeri Sembilan Sungai Pahang 28,682.247
Sungai mengalir ke Laut Selebes
Sabah Sungai Kalabakan Sungai Kalumpang Sungai Serudong Sungai Silabukan Sungai Tawau Sungai Tingkayu
Sungai yang mengalir ke Laut China Selatan
Johor
Kelantan Sungai Golok (110 km) Sungai Kelantan (248 km) Sungai Nenggeri (52 km) Sungai Galas (87 km) Sungai Lebir (87 km) Sungai Kemasin Sungai Semerak Sungai Raja Gali Sungai Pengkalan Datu Sungai Mak Neralang Sungai Bachok Sungai Pengkalan Chepa (10 km) Sungai Melawi, Bachok Sungai Dua, Bachok Sungai Tapang
Pahang Sungai Jerantut (13 km) Sungai Jeransang (17 km) Sungai Beletil (18 km) Sungai Besul (10 km) Sungai Betong (20 km) Sungai Burau (12 km) Sungai Serting (40 km) Sungai Bera (60 km) Sungai Cerating (52 km) Sungai Anak Endau (110 km) Sungai Endau (280 km) Sungai Kuantan (86 km) Sungai Pahang (459 km) Sungai Pontian, Pahang (27 km) Sungai Rompin (83 km) Sungai Keratong (22 km)
Sabah Sungai Apas Sungai Bandau, Sabah Sungai Betotan Sungai Binsuluk Sungai Bongawan (32 km) Sungai Bongaya Sungai Bongon Sungai Brantian Sungai Bukau Sungai Burong Sungai Gum-Gum Besar Sungai Inanam Sungai Jeragan Bistari Sungai Kaindangan Sungai Karamuak Sungai Kanibongan Sungai Keguraan Sungai Kimanis (31 km) Sungai Klagan Sungai Klias Sungai Kolapis Sungai Kretam Besar Sungai Lakutan Sungai Langkon Sungai Linayukan Sungai Mamahat Sungai Manalunan Sungai Maruap Sungai Membakut Sungai Mengalong Sungai Mengkabong Sungai Merotai Sungai Milau Sungai Millian Sungai Moyog Sungai Mumiang Sungai Padas (120 km) Sungai Papar (80 km) Sungai Pegagau Sungai Pimpin Sungai Sabah Sungai Sahabat Sungai Samawang Sungai Sapagaya Sungai Segaliud Sungai Sekong Besar Sungai Sengarong Sungai Sepagaya Sungai Sibunga Besar Sungai Simandalan Sungai Sinsilog Suanlamba Besar Sungai Sulaman Sulaman Sungai Tandek Sungai Tanjung Labian Sungai Tatulit Sungai Tegupi Sungai Telaga Sungai Tempasuk (21.5 km) Sungai Kedamaian (52 km) Sungai Warlu (33 km) Sungai Kawang Kawang (21 km) Sungai Tiram, Sabah Sungai Tuaran (80 km) Sungai Ulu Tungku Sungai Umas Umas
Sarawak Sungai Balingian Sungai Baram Sungai Bayan Sungai Bedengan Sungai Kayan Sungai Kemena Sungai Kerian, Sarawak Sungai Lawas Sungai Likau Sungai Limbang Sungai Lupar Sungai Maludam Sungai Matu Sungai Mukah Sungai Niah Sungai Nyalau Sungai Oya Sungai Pandaruan Sungai Rajang Sungai Rambungan Sungai Sadong Sungai Salak Sungai Samarahan Sungai Sammusam Sungai Santubong Sungai Sarawak Sungai Saribas Sungai Sarupai Sadupai Sungai Sebuyau Sungai Sematan Sungai Sembakung Sungai Siang Siang Sungai Sibu Laut Sungai Sibuti Sungai Similajau Sungai Sparan Suai Suai Sungai Tatau Sungai Telong Sungai Terusan
Terengganu Sungai Besut (69 km) Sungai Kenak (13 km) Sungai Pelagat (28 km) Sungai Jengai (63 km) Sungai Dungun Sungai Ibai (18 km) Sungai Nerus (8 km) Sungai Keluang Besar (19 km) Sungai Kemaman (167 km) Sungai Kertih (12 km) Sungai Cukai (24 km) Sungai Tebak (29 km) Sungai Ibok (28 km) Sungai Jabor (24 km) Sungai Cherol (37 km) Sungai Marang (34 km) Sungai Mercang (29 km) Sungai Paka, Terengganu (15 km) Sungai Setiu Sungai Terengganu (20 km)
Wilayah Persekutuan Kuala Lumpur
Johor
Kedah
Melaka
Negeri Sembilan
Pulau Pinang
Perak Sungai Bernam (200 km) Sungai Beruas (37.3 km) Sungai Jarum Mas (4 km) Sungai Kerian (90 km) Sungai Kurau (92 km) Sungai Larut (Sungai Jaha) (25 km) Sungai Manjung (18 km) Sungai Perak (427 km) Sungai Sangga Besar (Sungai Sepetang) (33 km) Sungai Temerloh (14 km) Sungai Tiram, Perak (3.6 km) Sungai Bidor (17.9 km)
Perlis Sungai Besar, Perlis (6.5 km) Sungai Perlis (11.8 km) Sungai Korok (17 km) Sungai Mati (13.3 km) Sungai Abi (13.9 km) Sungai Arau (21.5 km) Sungai Tasoh (9.6 km) Sungai Santan (10 km) Sungai Panggas (7 km) Sungai Jernih (8 km) Sungai Pelarik (8.5 km) Sungai Batu Pahat (6 km) Sungai Gial (7.8 km) Sungai Kechor (7 km) Sungai Jarum (10.3 km) Sungai Temenggung (6.75 km) Sungai Kayang (6.4 km) Sungai Siran (7.5 km) Sungai Chuping (5.5 km) Sungai Kurong Batang (4.7 km) Lencong Utara (5.5 km) Sungai Jalan Perlis (5.3 km) Sungai Mentaloon (5.5 km) Sungai Chuchoh (4.8 km) Sungai Repoh (4.5 km) Sungai Kurong Tengar (4 km) Sungai Padang (4.2 km) Sungai Ngulang (3.2 km) Sungai Tok Pulau (3.7 km) Sungai Jejawi (3.4 km) Sungai Bongor Kudong (2.9 km) Sungai Seriab (6.5 km) Sungai Banat (4.4 km)
Selangor
Sabah
Johor
Pautan luar https://web.archive.org/web/20160304042830/http://forum.mygeoportal.gov.my/smanre/sungai/lembangan_sungai_utama_kategori_satu.php https://web.archive.org/web/20160303235432/http://forum.mygeoportal.gov.my/smanre/sungai/list_lembangan_sungai_kategori_lain.php?cat=2&tag=Sungai-Sungai%20Merentas%20Negeri https://web.archive.org/web/20150107024113/http://infobanjir.water.gov.my/real_time.cfm Senarai sungai di Asia
Negara berdaulat Afghanistan Arab Saudi Armenia Azerbaijan Bahrain Bangladesh Bhutan Brunei China Cyprus Emiriah Arab Bersatu Filipina Georgia India Indonesia Iran Iraq Israel Jepun Jordan Kazakhstan Kemboja Korea Utara Korea Selatan Kuwait Kyrgyzstan Laos Lubnan Malaysia Maldives Mesir Mongolia Myanmar Nepal Oman Pakistan Qatar Rusia Singapura Sri Lanka Syria Tajikistan Thailand Timor Leste Turki Turkmenistan Uzbekistan Vietnam Yaman Senarai negara-negara dengan pengiktirafan terhad Abkhazia Nagorno-Karabakh Republik Turki Cyprus Utara Ossetia Selatan Palestin Taiwan Wilayah tanggungan dan wilayah lain-lain Wilayah Lautan Hindi British Pulau Krismas Kepulauan Cocos (Keeling) Hong Kong Makau
Kawalan kewibawaan: Perpustakaan negara