La saison 2012-2013 du Championnat de Belgique masculin de handball de deuxième division est la 50e saison de la deuxième plus haute division masculine de handball en Belgique. La première phase du championnat, la phase classique, est suivie des Play-offs pour les quatre premières équipes et des Play-downs pour les six autres.
Au terme de la saison, c'est le HB Sint-Truiden qui décroche le titre de champion de Belgique de deuxième division au détriment de l'Olse Merksem HC. Toutefois, les limbourgeois ne désirent pas monter, ne se considérant pas prêt à évoluer au sein de l'élite. C'est donc l'Olse, son dauphin, qui sera promu la saison prochaine en Division 1[1] où il remplacera le VOO HC Herstal-Flémalle ROC. Les flandriens du HC DB Gent et du HKW Waasmunster terminent, quant à eux, la saison respectivement 3e et 4e.
La saison régulière est disputée par 10 équipes jouant chacune l'une contre l'autre à deux reprises selon le principe des phases aller et retour. Une victoire rapporte 2 points, une égalité, 1 point et, donc une défaite 0 point.
À la suite des changements de format, la saison continue après la phase classique avec deux tours finals, contrairement à la saison précédente. Les quatre équipes les mieux classées s'engagent dans les Play-offs tandis que les 6 autres s'engage en Play-downs. En Play-off, ces quatre formations s'affrontent en phase aller-retour mais lors duquel l'équipe classée première de la saison régulière part avec 4 points, le second, 3, le troisième, 2, le quatrième, 1. Après, ce tour, les deux meilleures équipes s'affrontent lors d'une finale au meilleur des trois dans laquelle l'équipe ayant terminé deuxième reçoit en premier. Les deux équipes ayant terminé aux deux dernières places, s'engage quant à elle dans un match pour la troisième place lors de laquelle, la formation classée troisième, reçoit.
En Play-downs, là aussi, les équipes ayant mieux terminée la phase régulière débutent avec un avantage au niveau des points. Ainsi, le cinquième de la phase classique commence avec 6 points, le sixième, 5, le septième, 4, le huitième, 3, le neuvième, 2 et le dixième avec 1 point. Ces six équipes s'affrontent dans le but de ne pas terminer au deux dernières places, synonyme de relégation au troisième niveau.