Élincourt-Sainte-Marguerite liegt etwa 15 Kilometer nördlich von Compiègne am Matz, der die Gemeinde im Norden begrenzt. Umgeben wird Élincourt-Sainte-Marguerite von den Nachbargemeinden Mareuil-la-Motte im Norden und Nordwesten, Thiescourt im Norden und Nordosten, Cannectancourt im Osten und Nordosten, Chevincourt im Osten und Südosten, Marest-sur-Matz im Süden, Vandélicourt im Südwesten sowie Margny-sur-Matz im Westen.